Dedesi Süleyman ve babası Ulvi Erguner’den sonra klasik ney ekolünün temsilciliğini sürdüren Kudsi Erguner, babasından aldığı eğitimle birlikte, önemli müzisyen ve tasavvuf çevrelerinde yetişme fırsatı buldu. 1967 yılından itibaren Türkiye, Avrupa ve Amerika’daki ilk Mevlevi ayinlerine neyzen olarak katıldı. İstanbul Radyosu’nda kısa bir süre müzisyen olarak çalıştıktan sonra 1975 yılında yerleştiği Paris’te aldığı mimarlık ve müzikoloji eğitimlerini yüksek lisans derecesinde tamamladı.

Türkiye, Hindistan, Pakistan ve Japonya’da müzik araştırmaları yaptı. Dünyanın en prestijli sahneleri ve önemli festivallerinde, Klasik Osmanlı ve Tasavvuf Müziği’nin farklı konularını içeren sayısız konser verdi. Yüzden fazla albüm ile yedi kitabı, başta Fransızca ve Türkçe olmak üzere çeşitli dillerde yayımlandı. Robert Wilson, Peter Brook, Carolyn Carlson, Maurice Bejart, Peter Gabriel, Tony Gatliff, Michel Portal, Alexandre Desplat, Marc Minkowski, Sarkis, Fazıl Say, Mehmet Ulusoy gibi tanınmış müzisyen ve yönetmenlerle çalıştı.

Besteleriyle iki kez “en iyi müzik” dalında, “Afife Tiyatro Ödülü”ne layık görüldü. Zonguldak Bülent Ecevit ve Üsküp üniversitelerinden iki fahri doktora aldı. 2016 yılından beri “Unesco İyi Niyet Elçisi” olan Erguner, hâlen tüm dünyada gerçekleştirdiği konserlerinin yanı sıra, Tasavvuf ve Mûsikî üzerine konferanslar vermekte, Venedik Cini Vakfı ve Rotterdam Konservatuarı’nda öğretim görevlisi olarak çalışmalarına devam etmektedir.